為回應原住民社會之需求，並順應世界之潮流，行政院於85年間，即籌備成立中央部會級機關，以專責辦理原住民族事務，並於籌備期間研訂機關組織條例草案，用為機關成立之法源依據。 同年11月1日，立法院審議通過「行政院原住民委員會組織條例」，行政院於同年12月10日正式成立「行政院原住民委員會」，專責統籌規劃原住民事務，成就了我國民族政策史上新的里程碑，對於原住民族政策的釐訂及推展，更具一致性與前瞻性，並發揮整體規劃的功能，帶動原住民族跨越新世紀全方位的發展。 為因應臺灣省政府功能業務與組織調整，原臺灣省政府原住民事務委員會經裁撤，自88年7月1日起歸併本會，並於中興新村設置中部辦公室；前臺灣省政府原住民事務委員會所屬文化園區管理處亦同時改隸本會。