臺南市位於臺灣的西南部，嘉南平原的核心位置，中西部為鹽水溪、曾文溪淤積平原，近300年來增加大量土地，平坦且適合農作。 臺南地勢平緩，有大小河川橫亙，東側有丘陵、山地分布；西側臨臺灣海峽，有逾40公里的海岸線。 臺南市沿海各區，300年前仍是臺江、倒風等內海，後因泥沙淤積成為小型內海如四草湖、鯤鯓湖等，轉為魚塭、鹽田使用。

台南市位於嘉南平原的南段，在多山的台灣島上，地形相對十分平坦；在台灣主要都市之中，台南市的地形也最為低平。 全市地表大致呈現東南高西北低的走向，最高點海拔不過30公尺；而佔全市面積三分之二的的安南區與安平區大致多在海平面3公尺以下，其中還有鯤身內海與四草湖隔鹽水溪南北相望，二者均為昔日廣闊台江內海的殘餘，見證四百年間的滄海桑田。