牙周病治療程序基本上為：先透過牙周囊袋探針，檢查患者的牙周囊袋深度，以此作為基準之一，判斷患者的牙周病惡化程度，再來透過基本治療或是牙周病等相關手術，進行口腔組織恢復，並讓患者的牙齒及牙根表面恢復乾淨及光滑，以防牙周病再次滋生。相關手術完成後，還會對病患進行口腔衛生訓練，以確保牙周病能得到妥善...

如果患者是牙周病初期的話，其實通過較基礎的清潔牙菌斑、牙結石等方式，便可以使患者口腔健康一步步重回正軌，健保洗牙有些許不適感，但不會讓患者感覺到劇烈的疼痛。

患者通常牙齦容易出血、紅腫發炎，牙齦顏色可能可以目視看出差異等症狀，基本上可以透過超音波洗牙，以及日常口腔衛生來恢復牙口健康。

患者的牙周組織受到細菌嚴重侵蝕，導致牙齒鬆動與位移、咀嚼無力影響進食及牙齦萎縮，可以進行牙周翻瓣手術，清除牙結石並刮除壞死組織，整平牙根表面及齒槽骨，降低牙周囊袋深度，來恢復牙周健康。

這樣會使得牙齒無法穩固。所以會再透過牙周再生手術，補齊患者缺失的牙周組織，如果患者齒槽骨骨質流失嚴重，也會使用人工骨粉及再生膜等方式，修復受損的齒槽骨。除了牙周再生手術、及人工骨粉等處理方式之外，患者也有可能因為牙齒脫落，而需要進行贗復治療，必須進行假牙安裝來填補脫落的缺牙處。